Родился 13 июля 1950 года в Ленинграде.

В 1973 году окончил юридический факультет Ленинградского университета. Служил в армии, работал в прокуратуре Ленинграда.

С 1975 года в органах госбезопасности --оперуполномоченный, следователь, начальник отделения, замначальника отдела, начальник отдела, начальник следственной службы Ленинградского управления КГБ. Расследовал дела о коррупции, шпионаже, об антисоветской деятельности, о контрабанде. С 1992 года начальник управления Министерства безопасности (ФСК, ФСБ) по Санкт-Петербургу и Ленинградской области. В августе 1998 года, через месяц после назначения Владимира Путина директором ФСБ, Черкесов переехал в Москву и стал его первым заместителем.

Весной 2000 года участвовал в избирательной кампании Владимира Путина, работал в его предвыборном штабе. В мае 2000-го назначен полномочным представителем президента РФ в Северо-Западном федеральном округе, член Совета безопасности России.

В марте 2003 года стал председателем Госкомитета РФ по контролю за незаконным оборотом наркотических и психотропных веществ (создан на базе профильных подразделений МВД РФ и упраздненной налоговой полиции).Спустя год, в ходе административной реформы, Госкомитет переименован в Федеральную службу, подчиненную президенту России.

Имеет воинское звание генерал-полковник, специальное звание генерал полиции (соответствует званию генерала армии), заслуженный юрист РФ. Награжден орденом Красной Звезды (1984, за расследование дела о шпионаже), орденом "За заслуги перед Отечеством" IV степени и орденом Почета.