Родился в г. Джизак Узбекской ССР. Отец - Николай Иванович, родом из Сибири, прошел войну солдатом от Волги до Австрии, затем трудился водителем, умер в 1994 году. Мать - Нина Яковлевна, училась в Ленинградском военно-механическом институте, пережила блокаду. После войны получила высшее финансовое образование, работала бухгалтером. Скончалась в 2007 году.

В 1970г. окончил Черниговский филиал Киевского политехнического института, затем отделение контрразведки Киевской школы КГБ СССР и отделение разведки Краснознаменного института КГБ СССР, в 1978г. с отличием Дипломатическую академию МИД СССР. Владеет немецким и английским языками.

После окончания в 1970 году Черниговского филиала Киевского политехнического института Лебедев С.Н. был оставлен для работы в институте, а спустя короткое время избран секретарем Черниговского горкома комсомола.
В 1971-1972 годах проходил службу в армии в Киевском военном округе, затем работал в Черниговском обкоме ВЛКСМ.

С 1973 года - в органах госбезопасности, с 1975 года - во внешней разведке (Первое главное управление КГБ СССР), где прошел путь от оперуполномоченного до руководителя службы.

Многократно выезжал в загранкомандировки: ГДР, ФРГ, Западный Берлин, объединенная Германия. Был знаком с Владимиром Путиным с 1980-х годов, когда оба работали в подразделениях ПГУ в Восточной Германии.

В 1998-2000гг. - официальный представитель Службы внешней разведки РФ в США.

С 20 мая 2000г. - директор Службы внешней разведки РФ. Также с 2000г. - постоянный член Совета безопасности РФ.

С октября 2007 - исполнительный секретарь СНГ.

Генерал армии.

Женат, супруга Вера Михайловна - инженер-химик. Вместе более тридцати лет. Двое взрослых сыновей, два внука.

Хобби - дача.